Gaussian94의 freqency 계산 결과를
가지고 HyperChem와 Cerius2을 이용하여 vibrational
mode를 보여주는 방법을 알아본다.
먼저 G94로 계산을 할때 반드시 checkpoint 파일을 만들어둔다. HyperChem의
script 파일구조를 잘 알고 있다면 G94의 log 파일로부터 정보를 얻어낼수도
있지만 checkpoint 파일을 만들어두는 것이 여러모로 편리하다.
HyperChem을 이용하는 방법 freqchk라는 Gaussian 유틸리티를 이용한다.
사용법은 매우 간단하여
freqchk 또는
freqchk [chk file]
하면 된다. 명령행에서 파일이름을 지정해주지 않으면 checkpoint 파일이름을
물어보게 된다. 그 다음은
Write Hyperchem files?
간단히 y라고 쳐주면 된다. 정말 쉽지 않은가?
다음 질문은 isotope mass를 물어본다. y라고 쳐주면 principal isotope mass를
알아서 넣어주게 되고 n으로 답하면 각 atom마다 isotope mass를 물어본다.
근처의 정수값을 넣어주면 알려져있는 isotope mass값 중 하나를 택하여 정확한
값을 입력해준다. 한가지 아쉬운 것은 isotope mass값을 임의로 정해줄수 없다.
입력이 끝났으면 같은 디렉토리에 freqchk.ent와
freqchk.scr이 생긴다. 앞의 것은 분자의 geometry를 담고있는
PDB파일이고, 뒤의 것은 HyperChem에서 사용하는 script파일이다.
HyperChem을 실행한후 Script메뉴에서 freqchk.scr을
open하면 알아서 PDB파일을 불러오고 어떤 vibrational mode를 선택할 것인지
물어보며, 선택한 mode를 동영상으로 보여준다. 다른 mode를 선택하려면
Cancel메뉴로 script를 멈춘 다음, Compute메뉴에
Vibrational Spectrum...을 선택한다.
freqchk는 항상 freqchk.ent와 freqchk.scr라는
이름의 파일만을 만든다. 이 이름을 바꾸려면 freqchk.scr파일의
두번째 줄을 바꿀 이름으로 고쳐주어야 한다. 이러한 작업은 다음과 같은
freq2hyper란 shell script를 만들어서 사용하면 편리하다.
freq2hyper
---------------------------------------------------------------------------
#!/usr/local/bin/bash
function error() {
echo -e "$1"
exit
}
# 아무 인자가 주어지지 않으면 사용방법을 출력하고 끝냄
[ $1 ] || error "USAGE : freq2hyper chk_file[.chk]";
FILE_ROOT="${1%.chk}"
CHK=$FILE_ROOT.chk
# 명령행 인자로 주어진 chk파일이 있는지 검사
[ -f $CHK ] || error "$CHK 파일이 없습니다.";
# chkchk : checkpoint 파일에 대한 정보를 알려주는 Gaussian 유틸리티
# freq에 대한 정보가 있는지 검사한다.
(chkchk $CHK | grep "Cartesian force constants present." > /dev/null) \
|| error "$CHK 파일에 cartesian force constant에 대한 정보가 없습니다.\nfrequency 계산이 맞는지 확인해 주십시오.";
# freqchk : frequency정보를 뽑아내는 Gaussian 유틸리티
# HyperChem형식으로 출력
echo " ----------------------------------------------------------"
echo -e "y\ny" | freqchk $CHK | tail +2
# 생성된 freqchk.* 파일을 주어진 이름으로 변경
mv freqchk.ent $FILE_ROOT.ent
sed "s/freqchk.ent/$FILE_ROOT.ent/" freqchk.scr > $FILE_ROOT.scr
rm -f freqchk.scr
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Cerius2을 이용하는 방법 formchk라는 Gaussian 유틸리티를 이용한다.
formchk 또는
formchk [chk file]
라고 하면 .fchk 파일이 생성되며 이 파일을 Cerius2에서 직접
읽을수 있다. fchk 파일은 text형식이므로 내용을 볼수도 있으며 다른 기종의
컴퓨터로 가져가기도 쉽다.
Cerius2의 Gaussian module에서 Analyze의
File메뉴에서 fchk 파일을 읽은 다음, Vibrations메뉴에서
Calculate Vibrational Normal Modes를 누르면 각 mode가 계산되면서
선택을 할수 있게 되고 ANIMATE를 누르면 동영상으로 보여준다.
translation과 rotation도 같이 포함된다는 점이 HyperChem과 다른 점이다.
이 페이지의 최종수정일: 1998.7.1
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